Ústavním základem pro realizaci svobody náboženské víry je Listina základních práv a svobod, která zejména v článcích 3, 15 a 16 stanovuje individuální i kolektivní práva. Vztah státu a církví a náboženských společností je v Listině rámcově vymezen v čl. 2 odst. 1 ustanovením, že stát je založen na demokratických hodnotách a nesmí se vázat ani na výlučnou ideologii ani na náboženské vyznání.

Zákonná úprava je obsažena v zákoně o církvích a náboženských společnostech, který konkretizuje individuální a kolektivní práva daná Listinou základních práv a svobod a vztah mezi státem a církvemi a náboženskými společnostmi. Zákon o církvích a náboženských společnostech je založen na respektování svobody náboženského vyznání a vnitřní autonomie církví a náboženských společností a na důsledném uplatňování konfesní neutrality státu vůči církvím a náboženským společnostem. Upravuje registraci církví a náboženských společností a jejich svazů, která je realizována podle správního řádu, evidenci orgánů církví, řeholních a jiných církevních institucí a účelových zařízení jako právnických osob podle tohoto zákona a konkretizuje práva a povinnosti registrovaných církví a náboženských společností. Odůvodnění hlavních principůzákona o církvích a náboženských společnostech bylo součástí důvodové zprávy k tomuto zákonu.

Úprava vedení 3 rejstříků podle zákona o církvích a náboženských společnostech je obsažena vevyhlášce Ministerstva kultury, č. 232/2002 sb., kterou se provádí zákon č. 3/2002 Sb., o svobodě náboženského vyznání a postavení církví a náboženských společností a o změně některých zákonů (zákon o církvích a náboženských společnostech).

Zákonem upravujícím vztahy státu a církví a náboženských společností je zákon č. 428/2012 Sb., o majetkovém vyrovnání s církvemi a náboženskými společnostmi. Tento zákon upravuje zmírnění některých majetkových křivd, které byly spáchány komunistickým režimem církvím a náboženským společnostem v období od 25. února 1948 do 1. ledna 1990 a vypořádání majetkových vztahů mezi státem a registrovanými církvemi a náboženskými společnostmi. Spolu s účinností tohoto zákona došlo ke zrušení zákona o hospodářském zabezpečení církví a náboženských společností, který upravoval financování církví a náboženských společností, které disponovaly oprávněním k výkonu zvláštního práva podle § 7 dost. 1 písm. c) zákona o církvích a náboženských společnostech, ze státního rozpočtu.